ABSTRACT This study aimed to introduce R package pedSimulate, which was built to simulate pedigree, genetic merit, phenotype, and genotype data. These are amongst the most important data types that animal breeders and quantitative geneticists deal with. Twenty pedigrees with ten generations were simulated applying different combinations of three parameters: genetic variance (10 vs. 20), proportion of males selected (10 vs. 20%), and the pattern for selecting females (random, positively, or negatively based on own phenotype or parent average). Males […]

Protein supply and requirements by ruminants have been studied for more than a century. These studies led to the accumulation of lots of scientific information about digestion and metabolism of protein by ruminants as well as the characterization of the dietary protein in order to maximize animal performance. During the 1980s and 1990s, when computers became more accessible and powerful, scientists began to conceptualize and develop mathematical nutrition models, and to program them into computers to assist with ration balancing […]

The objective of this study was to use the Turix model (a new mechanistic dynamic model that can be used for feed evaluation under tropical conditions), along with in situ and in vitro sugar cane experimental data from a previous study, to evaluate sugar cane kinetics through estimation of three parameters associated with ruminal bacterial growth: kM,SmL, the substrate uptake; kLM, the bacterial growth from intermediate metabolite; and YVFAP,FS, the products related to volatile fatty acid yield. Values of these […]

The objective of this study was to evaluate selective mating using distribution of extremes, among other mating strategies, on its ability to decrease the endogamy and the loss of genetic variability. The genetic simulation system (Genesys) was used to simulate two genomes (each one with a single characteristic whose distinction was the value of heritability) and the base and original populations. Each initial population was submitted to assisted selection by markers for ten consecutive generations. For evaluation of strategies, the […]

Utilizaram-se diferentes níveis de significância genômica na seleção assistida por marcadores para estimar o valor fenotípico, o número de marcadores usados na seleção e a porcentagem de alelos favoráveis e desfavoráveis fixados em uma característica quantitativa. Uma comparação entre os níveis de 0,5; 1; 2; 4; 6; 8; 10; 12; 14; 16; 18 e 20% foi realizada por meio do sistema computacional de simulação genética (GENESYS), utilizado na simulação de um genoma constituído de um caráter quantitativo de herdabilidade igual […]

Foram simulados diferentes tamanhos populacionais para estimar os valores fenotípicos na seleção assistida por marcadores para características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40 e 0,70. Procedeu-se à análise de agrupamento com os desempenhos fenotípicos, cuja finalidade foi obter estruturas de classificação entre as amostras visando à otimização na detecção de QTL. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para a simulação de três genomas (cada qual com uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade) […]

Objetivou-se com este estudo comparar, por meio de simulação, de rebanhos das raças Holandês e Jersey em um sistema de produção de leite em confinamento, considerando o tamanho do rebanho, os índices zootécnicos e econômicos e a lucratividade da empresa, mediante a utilização de um sistema de bonificação pela porcentagem de gordura e proteína do leite. As comparações foram realizadas primeiramente desconsiderando bonificações pela porcentagem de gordura e proteína do leite. Em seguida, a lucratividade foi comparada considerando bonificações no […]

Um modelo de simulação foi desenvolvido e validado com o objetivo de conhecer e predizer o desempenho produtivo de bovinos machos castrados com diferentes pesos e idades iniciais mantidos sobre pastagens cultivadas Panicum sp. e Brachiaria sp. em regiões tropicais e subtropicais. O modelo incluiu relações diretas entre os dois componentes principais (animal e forragem) e relações indiretas entre outros dois componentes (clima e solo). O componente animal incluiu: consumo de matéria seca de forragem, consumo de suplemento, carga animal, […]

Objetivou-se com este estudo avaliar os impactos de se ignorarem os efeitos de dominância sobre a estimação de parâmetros genéticos e a predição de valores genéticos pelo método da máxima verossimilhança restrita sob modelo animal aditivo empregando-se o MTDFREML. Para a mesma arquitetura genômica, foram simulados dois modelos de ação gênica: um deles incluiu apenas efeitos aditivos dos genes e o outro, efeitos aditivos e dominância completa e positiva para 100% dos locos. Sob cada modelo genético, foram geradas três […]

Foram avaliadas as razões entre componentes da variabilidade de características quantitativas simuladas a partir de genoma incorporando efeitos genéticos não-aditivos em populações de acasalamento ao acaso e de seleção fenotípica a curto prazo. Estudaram-se uma característica de baixa (h2 = 0,10) e outra de alta herdabilidade (h2 = 0,60) influenciadas por 600 locos bialélicos. Cinco modelos de ação gênica foram simulados, dos quais quatro incluíram dominância completa e positiva para 25, 50, 75 e 100% dos locos (D25, D50, D75 […]